На основании приказа руководителя Федерального агентства научных организаций № 20 от 20 января 2016 г. Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Всероссийский научно-исследовательский агролесомелиоративный институт» реорганизовано в Федеральный научный центр (ФНЦ) агроэкологии, комплексных мелиораций и защитного лесоразведения Российской академии наук в форме присоединения к нему Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Поволжский научно-исследовательский институт эколого-мелиоративных технологий», Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Нижне-Волжский научно-исследовательский институт сельского хозяйства» и шести опытных станций системы ВНИАЛМИ, расположенных в различных регионах страны.

Стратегической целью создания ФНЦ является научное и инновационно-технологическое обеспечение земледелия, мелиорации и защитного лесоразведения, борьбы с деградацией и опустыниванием агроландшафтов Российской Федерации, сохранения и повышения плодородия почв, устойчивого развития сельских территорий в условиях глобальных и региональных изменений климата.

Координация и интеграция фундаментальных и прикладных исследований позволит повысить эффективность научно-исследовательских работ, которые создадут условия для инновационного развития АПК и увеличения объема и качества продукции сельхозтоваропроизводителей.

В результате реализации исследовательской программы ФНЦ будут получены новые знания и технологии по рациональному использованию сельскохозяйственных угодий, по процессам деградации земель (опустынивание, засоление, осолонцевание и др.) и их предотвращению с использованием научно обоснованных видов и объемов комплексных мелиораций на основе аэрокосмических методов исследований и ГИС-технологий.